mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATCAATATGAATGTGGGAGA TTCCACATTTATATTGATTCA GGTTAATTAATTAGTACTCCTTCCGTTTCACAATGTAAGTCATTATAGCATTTTCCACATTTATATTGATTCATTAACATCAATATGAATGTGGGAGATGCTAGAATNACTTACATTGTAAAACGAAGTAAGTACTCCTGTACATAC CACCCACTTCACCCATCATCGCCACGACAAACACAAAGCCGCCATTGACGACGGCACTGGGGATCAGCCACCGCACCTTCTTGATCACCGTACCTTTAATTGTGTGGTTAATTAATTAGTACTCCTTCCGTTTCACAATGTAAGTCATTATAGCATTTTCCACATTTATATTGATTCATTAACATCAATATGAATGTGGGAGATGCTAGAATNACTTACATTGTAAAACGAAGTAAGTACTCCTGTACATACCACTGCTACTTAATTAGAGTGATTTTATGGTTCTCAAGAACGTAACAGGAGATGCCATATTTTTCGGTGTAAACTTTGATACCTCTCACTATGCTTTGATTGACTATACACATATTTCTGT 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 3e-36 osa-MIR809d 3e-20 -58.2 ............((((((.((((.((((.(((((((((((.(((.(((((((((((((((((((((((((........))))))))))))))))))))))))).))).))))))))))).))))))))..))))))........... (-58.2)