mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATCAATATGAATGTGGGAGA TCCCACATTCATATTGAAGTT AACTGTACTCCCTCCATTTCACAATTTAAGTCATTCTAGCATTTCCCACATTCATATTGAAGTTGAGGAATGTANACATATATATCTATCTAGATTCATTAACATCAATATGAATGTGGGAGATGCTAAAATGACTTACATTGTGGAATGGAGGAAGTATGTA GGGTGAACAGTACTGAACTGTACTCCCTCCATTTCACAATTTAAGTCATTCTAGCATTTCCCACATTCATATTGAAGTTGAGGAATGTANACATATATATCTATCTAGATTCATTAACATCAATATGAATGTGGGAGATGCTAAAATGACTTACATTGTGGAATGGAGGAAGTATGTAGTTAGCCTTTATCCAGGATTATATTGTATATACCTTACTGCAGTCTATAGAAGAGGCCAAAATGTTTACAAGG 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 2e-50 osa-MIR808 2e-52 -80.5 ....(((((.(((((((((((((((.(((((((((.((((((((((((((((((((((((.(((((.((((......................)))).))))).)))))))))))))))))))))))).))))))))).))))))))))))))).)))))... (-80.5)