mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATCAATATGAATGTGGGAAA TCCCACATTTATATTGATGGA CACTGTTTTACAATGTAAGTTATTTTAGCATCTCCCACATTTATATTGATGGAATGAATCTAGTCAAATATATATGTCTAGATTCATTAATATCAATATGAATGTGGGAAATAATAGAATGACTCCCATTGTGAAACGGA TTCGTCCCATAACCTATTACTCCCACTGTTTTACAATGTAAGTTATTTTAGCATCTCCCACATTTATATTGATGGAATGAATCTAGTCAAATATATATGTCTAGATTCATTAATATCAATATGAATGTGGGAAATAATAGAATGACTCCCATTGTGAAACGGAGGAAGTATGTGTNTTCTAGTGGAAGGTGCAACAGGGCTGTACACCTTGCCGAAAGTACTATTTCCCTCCATCCATCCTTACGTTGTTATAACTTAGAAATGTAGATAAAGTTTTATATGTCCAAATCCTAACGCACATGTCTTCGATCCTATTTGGAGGTAAGAAACGTACGGAACACCTGGTACGGTGCCCGAATCCCATCCCACAATCTAAATTGAGAACCTACATTGTCTGATAAAATGAACATT 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 2e-34 osa-MIR809g 1e-28 -62 ..(((((((((((((..((((((((((..((.(((((((((((((((((((.(((((((((((.((........)).)))))))))))..))))))))))))))))))).))..))))))))))..))))))))))))). (-62)