mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAGGTGTCTAATTTCAGCGCC CGCTAAACTTAGACACCTCAG TGGAACACAAATTTTGACCATTTGACTCTTTCCAAAAACTAATTTTACAAATGAATCGTGGCCCAAACTTATTTTAAAAATGACACTTTTTGTTTAGCGTCAAATCGTATGTCGCTAAACTTAGACACCTCAGTGCTACGTCAATTGGCGCAGAATATCGTGTCACCGCGGACGAGAGACTGAGTCGGCGTGCCAACGTGCATTCAGCGTCGTTCTATTTGGCGTTGAGGTGTCTAATTTCAGCGCCATACGATTTGACGCTGAACAAAAGCGTCATTTTTTAAATAAGTTTGGGCACGATTTATTTGTAAAATTAGTTTTCGAAAAGGGTTAAATTGTCAAAAATTTGTGGAAGT CTTTTATTTCAGGTCCCGGATCCGGTGGTGGTGCAAATCAAAGAACTGCTCCTCAGTGGATGTTGCCTTTACTTCTAGGCCTGTACGGAAGTGTTACTTCTGCTCTAAAAGCTGCGGAATTCCTCGAGCACTGTTGGCCTACTGGTAATTTTGTTTTAAAAATGTGGACACAAGAGTTGGAACACAAATTTTGACCATTTGACTCTTTCCAAAAACTAATTTTACAAATGAATCGTGGCCCAAACTTATTTTAAAAATGACACTTTTTGTTTAGCGTCAAATCGTATGTCGCTAAACTTAGACACCTCAGTGCTACGTCAATTGGCGCAGAATATCGTGTCACCGCGGACGAGAGACTGAGTCGGCGTGCCAACGTGCATTCAGCGTCGTTCTATTTGGCGTTGAGGTGTCTAATTTCAGCGCCATACGATTTGACGCTGAACAAAAGCGTCATTTTTTAAATAAGTTTGGGCACGATTTATTTGTAAAATTAGTTTTCGAAAAGGGTTAAATTGTCAAAAATTTGTGGAAGTTGGAAAGGCGGAGGAAAGACACAGCCGAGTTTCTTG 3 0 3' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR2122 2e-33 -166.5 .....(((((((((((((.((((((((((((...((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((.(((((((((..(((((((((((((((((((((((((.((((.((.((((((((((((((((((.((....((((((.((((..(((..(((.((.(((..........))).)))))...)))...)))).))))))....)).)))))))))))))))))).)).)))).))))))))))))))))))))))))).))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))...)))))))))))).))).))))))))))..... (-166.5)