mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTACTCCCTTCGTCCCACAAA TATGGGATGGAGGGAGTACTT ATGCTTCTGAATTACTCCCTTCGTCCCACAAAAAATCAACCTACTATTGGAGGTGATATTTCCTAATACAACGAATCTGAACAGAAGGTTGCCTAGATTCGTTATACTAGGGAATGTCACCTCTAATACCAGATTGGTTTTTTATGGGATGGAGGGAGTACTTGG TAAACTAGTGGATCCCCGGGCTGAGGAATCGCACGAGGCCCCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGACAAAATCCGTAAATCACAACGATCTATATCCTTGTTCACTCAGGAAAACCATCAACATTGACAAAAAAAAAAAATGAAGGAAAAGAACTACAGTTTATTGGAAACGAAACAACACAGCAAAGCATCTCACTACTTGCAATTTAACGCAATAAAAATGAAAATGTTCATAGAGGTCATGCAAAGCACGATTCCTGAATCATCAAGTGAGGTCTGAAAAGGGATTGAATGCTTCTGAATTACTCCCTTCGTCCCACAAAAAATCAACCTACTATTGGAGGTGATATTTCCTAATACAACGAATCTGAACAGAAGGTTGCCTAGATTCGTTATACTAGGGAATGTCACCTCTAATACCAGATTGGTTTTTTATGGGATGGAGGGAGTACTTGG 2 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 9e-77 osa-MIR1442 0.0005 -78.4 .........((.((((((((((((((((.((((((((((.((..(((((((((((((((((((((.((.(((((((((((((.....)))...)))))))))).)).)))))))))))))))))))))..)).)))))))))).)))))))))))))))).)).. (-78.4)