mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACAATGGAGTGAAGTGCAACAGAA TCATTGCACTGTGCTCCATTGTGG GCAGTTTAGTATGGTTTTGCTTTGCCACTGTGCTGTCCATTTTCATTGCACTGTGCTCCATTGTGGTATTGACATTCTGCAAGAACGAGTCCCAGTATCAAGTCACTGTTACGGTGTTGTTGGTACCATTGATTAACAACACTTGACGGCCATACTTGGTCATGTTGTATGTTATCAGCTTCACAGAGGTACATGTGGCACTTTAACAGTTATTTGATACAGTGACTAGGCTGCAGTTGAGCGAAACCACAATGGAGTGAAGTGCAACAGAAATGAACATTATGGCAGCAAAGTGAAAGTTTGTCAAACTGCCGGGGA GCAGTTTAGTATGGTTTTGCTTTGCCACTGTGCTGTCCATTTTCATTGCACTGTGCTCCATTGTGGTATTGACATTCTGCAAGAACGAGTCCCAGTATCAAGTCACTGTTACGGTGTTGTTGGTACCATTGATTAACAACACTTGACGGCCATACTTGGTCATGTTGTATGTTATCAGCTTCACAGAGGTACATGTGGCACTTTAACAGTTATTTGATACAGTGACTAGGCTGCAGTTGAGCGAAACCACAATGGAGTGAAGTGCAACAGAAATGAACATTATGGCAGCAAAGTGAAAGTTTGTCAAACTGCCGGGGACAAAGTGAATTTTGTCCAAATATCCCTGTATTATTTTCTGCTTAGAAGCATCATATTAATTCAATAAGCTGCAAACTCATATTCATACCAAAAACATGTACGATCTTGCCACATTTGGCAAATTATTGTGTTGTATCATTTATCGTGTAATTGCAAAAATAAGATAGAGCTTTGTAATCTGGTGTGCCGGGCAGCTGCTGTATCAATATAATAATTCTCAAATAGTTGAAA 3 0 3' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR1875 3e-133 -110.5 (((((((.(((...(((((((((((..(((((.(((.((((((..(((((((.((((((((((((((.(((.((..(((((.(....((((...(((((((((.(((((((.((((((((((((.......))))))))))))....(((((....))))).((((((((((.....(((((...)))))))))))))))...))))))).)))))))))...))))...)))))).))..))).)))))))))))))).)))))))..)))))).))).)))))..)))))))))))...))).)))))))...... (-110.5)