mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTTACAGTCATATACAGTTTATA TGAACTGTAGATGACTGTAAATAT GTAATAAAATTACAAACTGATCAAATATATGAACTGTAGATGACTGTAAATATACAATTTACAGTCATATACAGTTTATATATTGAATCGTGTTTGTACAATGAAT GCACGAGGGGAAAAGGGGCAGCCCTACATATTCCGTGTTGGTTCAGGACAGGTATTTATTTTTTTTGCCCTACATATTCCTGTTGGTACTTGGTAGCCTGTGTTCTGAAATATTACCACTGAAATGTGAGTAATAAAATTACAAACTGATCAAATATATGAACTGTAGATGACTGTAAATATACAATTTACAGTCATATACAGTTTATATATTGAATCGTGTTTGTACAATGAATCAAAATCTCGGCTGGTTACTGGTACTTACCGATCCTAAGCCATCGACTGGCTATCGGTATACCAGCCCAGAACAATTTGAATTAATATTTAAAACTTAAATGTTAAAGAGTACGAACAAAGGTTTTGAATATTAGTTTCAGAACAAAATACCAACTGGTCCCTTTGAGAAAGGGCAACCGACCGCTTACCACTTTTATCTGGAAAAAGATTGAATCCAAAATATTTTATTAAACTAGTAATTGAGGGTAACAAGCTGCTAACAAGTTTTTGGAACATGTCGGTTAACGTCTGGTTTTTGGTTTTCAAATTAAAACTCTTGGTATGTCTAATGTGTAAATTGCACATGAAATACACTAA 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR2875 7e-36 -40 ..........(((((((((((..(((((((((((((((.((((((((((((.....)))))))))))).)))))))))))))))..)))).)))))))........ (-40)