mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GACGAGTGGTCAAACAGTGCA CTACTGTTTGGCCATTCGTGTT GCTAATATAAGGGATTTTGACATTTTACTTGCTACTGTTTGGCCATTCGTGTTATTCAAAAAATTTAGAATTATTATTTATTTTATTTGTGACTTACTTTATTATCCAAAGTACTTTAAGCACAACTTCTCTTTTTTTATATTTGCACAATTTTTTTAAATAAGACGAGTGGTCAAACAGTGCAAACAAAATGTCAAAAATCCCTTATATTA AGTAGTGTGCTCGATTTATATTAACTAATTTCTATGACATATATACTATGTTGCTCGATGTAGCTTTTGTACATATTTCACTGCATGACTCTCAGCTGTATTAATTAATTATATTATGAGATTTGCAAAATGTTAATTTTTGCAATGCTTAACGTTGCTGGAGGAAAATAAAACCTTAAGAATATATTACTTTCGTCCGCTAATATAAGGGATTTTGACATTTTACTTGCTACTGTTTGGCCATTCGTGTTATTCAAAAAATTTAGAATTATTATTTATTTTATTTGTGACTTACTTTATTATCCAAAGTACTTTAAGCACAACTTCTCTTTTTTTATATTTGCACAATTTTTTTAAATAAGACGAGTGGTCAAACAGTGCAAACAAAATGTCAAAAATCCCTTATATTAGG 1 1 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 6e-17 osa-MIR818e 0.0000000000007 -64.4 ..((((((((((((((((((((((((..((((.(((((((((((((((((.(((((.((((((.((.((((...............(((((.((((((((.......)))))).....)))))))...............))))....)).)))))).))))).)))))))))))))))))))))..)))))))).)))))))))))))))) (-64.4)