mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCAGGTTATAAGACTTTCTAT AGAAAGTCTTATAATACAAG TGTATTCGTCATATTTATTACTACCTCTATTTCAGGTTATAAGACTTTCTATCTTGCCTACATTTATATAGATGTTAAATAATTTAGGCACATATATGTCTAGATTCATTAACATATATATGAATGTGGGCATGCTAGAAAGTCTTATAATACAAGCGGAGGAAGTATTTATTTAAAAAATCAT GTCACAAGAGGAGAAGAGATTTGGTGAACCGGCTTACCGTAATGTAAATGCCTATTCTTCCCCTACTTTGTGGAGTTCTGGGTTGTACATGTATACATAGAAATGACAGTGTGGGACGGCGGAATTGTATTCTCATATTTGCTTTTTGATATATATTTCTAGTGTATTGATGTATTCTCGTAGATCATATTATATTCTCGTAGGTATTGATGTATTCGTCATATTTATTACTACCTCTATTTCAGGTTATAAGACTTTCTATCTTGCCTACATTTATATAGATGTTAAATAATTTAGGCACATATATGTCTAGATTCATTAACATATATATGAATGTGGGCATGCTAGAAAGTCTTATAATACAAGCGGAGGAAGTATTTATTTAAAAAATCATTCTGATGAAAAAAAAAAAAAAAA 3 1 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 6e-26 osa-MIR819j 2e-40 -63.9 ...........((..((.((((.(((((.(((...((((((((((((((((...((((((((((((((((.(((((((..((((((((((......))))))))))..))))))).))))))))))))))))...))))))))))))))))..))).))))).))))..))..))......... (-63.9)