mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGACTTACATTGTGAAACAG TTTTCAGGATATAAGTCATTT TGTCCTCCTCCGTTTTCAGGATATAAGTCATTTTAGTATTTTCCACAAAAGTATTTAAGGTTAAATAATTTAGAAAAAAAAAAAAAATTTCTAAATTCATTAACATCAAAATAAATATGAGAAATATTAAAATGACTTACATTGTGAAACAGAGGGAGTAC GTTTCTACGTACCTCGCCAGGTCAGAATGACCCCTCTGGGCCCAGGATTGTAATCCCTACAAAAATATGTCCTCCTCCGTTTTCAGGATATAAGTCATTTTAGTATTTTCCACAAAAGTATTTAAGGTTAAATAATTTAGAAAAAAAAAAAAAATTTCTAAATTCATTAACATCAAAATAAATATGAGAAATATTAAAATGACTTACATTGTGAAACAGAGGGAGTACGTACGTACGTGTGTATGTGTGTCTGTCTGTCATTTTGGATCATGCCATTGCAAATTTATTGTATTAAAAAAATACATGCATGTACGTACGTACGTGTGTCTGTCGGTCATTTTGGATCATGCCATTGCAAATTTTACTGTATTAAAAAAATACCACTATTATTTTGATTTCT 5 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 2e-19 osa-MIR809d 0.000000000000002 -40.6 .....(((((.((((.((.(((.(((((((((((((((((((.((......(((((...(((((..((((((((((...........))))))))))..)))))....)))))....)).))))))))))))))))))).))).)))))).)))))..... (-40.6)