mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGCTGGCTGCTGCAGCAAA CGCTGCTGCAGCCAGCACTTC GCTTGATCGGTTGTGCTGGCTGCTGCAGCAAATACTCTTTGGTTTGGATTGGGGCTGACTGACTACAGCTGCGCTGCTGCAGCCAGCACTTCCGATCAGG CACACAGGAAACAGCTATGACCATGATTACGCCCAAAGCTCTAATACGACTCACTATAGGGGAAAGCTGGTACGCCTGCAGGTACCGGTCCGGAATTCCCGGGTCGACCCACGCGTCCGCTCTGATTCGCATATCAATGGAAAAACTCAAACCGTCTCTAGATTTTGCAGATGACATTGTGCGGTTGTGGTTCCGCAATTCTCTTGTTGGCATTGGGCTTGATCGGTTGTGCTGGCTGCTGCAGCAAATACTCTTTGGTTTGGATTGGGGCTGACTGACTACAGCTGCGCTGCTGCAGCCAGCACTTCCGATCAGGCTGATTACTTTCTGCTAATATACTTTAATGCACATGCCCCCTTGACGAGATAAAATTCCACCGGAGGTCGCGCAAGGAGAGGTGCGTGTTTGATCTGCTAATACCTTGGAGGTCGAGCAAGGAGAGGTACGTGTTTGATCTGCTAATGCCTTACTGTAAAACTGTCGTAGCACTTCTATTTTGATCTAACGTGCGCCATCTTTATTTTAACATGTAGAACGTTATCTAATTGAATGAATATTCTATTTTATTCCTCNTGNCTTGTGAGCCATATTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 5 0 5' arm Oryza_sativa mirnest 100 100 -50.2 .(((((((((..(((((((((((.(((((...((.(((.......))).)).(((((........)))))..))))).)))))))))))..))))))))) (-50.2)