mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGACCAAATTTATAGAAAAA TTTTTATAAACTTGATCAAAT GTTTGATAGTCTACCTCCTCTGTTATAATATAAGTCGTTTTGACTTTTTTCTTAGCTAAGCTTTTATAAGTTTGACCAAATTTATAGAAAAATTAGCAATATTTATAATATCAAATTAGTTTTATTAAACGAAACATTAAATATATTTTGATAATATATTTATTTTGTATTAAAAATGTTGCTAACTTTTTTATAAACTTGATCAAATTCTAAAAAGTTTGACCAGAAAAAAGTCGAAGTGACTTATAATATGAAACAGATGGAATAGCTCTCTGT TGGGACATGCAAAGTTGCTGGTTCTTTGTCTTCCACGACTGCATCTTGAAGGAGAAGTTCTGAGTTCTTCAGTTTGGCACTGTATTCAACACTGATGCAGTGATACATCACCTAAACCCGAGCGTAGTGCAGAGTTGTTTCAGGAGGTTAGCACATTTGTGTAGCCATGAGATCGAGTATCCGTTTCTACCTGTCTCTTGTCTTGAGGAAGTAGCACCAGGCCACCAGCATCTGCATGAGTCAAAGATACTTACCAATGAAACAAAGTTTCCCTTCAAAGAAAAAATGAAACAAAGTTTTGCTCAAAGATGGAAGGAGTAAGAACATCTGGACGTGAGACAAGGATACTTAACTGATTGTTTGATAGTCTACCTCCTCTGTTATAATATAAGTCGTTTTGACTTTTTTCTTAGCTAAGCTTTTATAAGTTTGACCAAATTTATAGAAAAATTAGCAATATTTATAATATCAAATTAGTTTTATTAAACGAAACATTAAATATATTTTGATAATATATTTATTTTGTATTAAAAATGTTGCTAACTTTTTTATAAACTTGATCAAATTCTAAAAAGTTTGACCAGAAAAAAGTCGAAGTGACTTATAATATGAAACAGATGGAATAGCTCTCTGTCTCCTACTCGTACTCATTTTATGGGTCTTCTTAGATAAAAATCCATAGAATTTAAGCCATAGATAATTATGAAATGCAAATGGATTAAGTCTTGAGTAGATTTTGACATGCTAAAAAACTGGC 3 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 0.0003 sbi-MIR437r 0.0000009 -81 ....((.((.(((..((((((((((((.((((((((((((((((((((((((....(((((((((...(((((((.(((.(((((((((((.((((((((((((.((((((.(((...(((((.......)))))..((((((((((.....))))))))))))).)))))).)))))))))))).))))))))))).))).)))))))...)))))))))...)))))))))))))))))))))))).)))..)))))).))).))))).))... (-81)