mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGGCTTAAAAGATTCGTCT ACGAATTTATTAAGCCTAANT GTAAACTGCGAGACGAATTTATTAAGCCTAANTAATCCGNTNTTAGCAAATGNCTACTGTNGCAACACATTGTTAAATCATGGAGCANTTAGGCTTAAAAGATTCGTCTCACAACTTA GGTGTTNANATTCAGGGGTGTAAAGCTTTGGCGTGTCNCATCTGAAGTATTAAACATNGTCTANTATCAAAACAAATTACAGANTCCANCNGTAAACTGCGAGACGAATTTATTAAGCCTAANTAATCCGNTNTTAGCAAATGNCTACTGTNGCAACACATTGTTAAATCATGGAGCANTTAGGCTTAAAAGATTCGTCTCACAACTTANTCACAATATGNGGAATTAGTTTTGTTTTTAGTCTATATTTAATACTTCATACATATGTGTTCAAACGTTCGATGNGATAGGGTAAAAAAATTNGGGGTGGGATTTAAACAGGGCCTTAGTTAATTATAAAATCAGNNGCTATAAGTGTTATAGNTAAACTTGGACATATATTGATCCTATATATCCTGCAAACCCTAGTTAGTTAATTATACCATAAATCTTGCTTCAGCTTTTGCGTTCTAGCTTAAGTAAACTTAACATGGNTGACGACAAGTTTCAAGTTANCTAATAAAATGAAAAATATNAACTCATGTTTAATTAACACTAAATTAGTTGTCTTATAAGCTAGGNTTAACGNGAACTTCAGNTAGTTGGGTAGTATACAATGCGTGATAGAAA 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR442 3e-35 -30.8 .........(((((((((((.((((((((((....(((....(((((((....................))))))).....)))....)))))))))).)))))))))))........ (-30.8)