mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGGCTTAATAGATTCGTCT ATAAATTTTTTAAGCCTAATT TAAATGAAAGCTAATTTGCGAGATAAATTTTTTAAGCCTAATTAATCTATATTTAGAGAATGTTTACTGTAGCATCACATAGGCTAATCATGGATTAATTAGGCTCATAGATTCGTCTGGATTAATTAGGCTTAATAGATTCGTCTTGTGAATTAGTCCAAGATT GGCTAGATTCGAGATAATTTTATGCCTTTGAGATATGCCCATCCACTTGTAATATGGGTGAATTGTCTGTATGACGTTTAATCTGAGATCATGGATCTCTTGTTAGGGCTTTAGGTGGTGTTTGGATCCAGGGACTTAACTTTAGTCTCTGTATTTAGACCCTAATTTAGTCTATTAAATATAGACTGACTTACCAAACTAATTACATAAATGAAAGCTAATTTGCGAGATAAATTTTTTAAGCCTAATTAATCTATATTTAGAGAATGTTTACTGTAGCATCACATAGGCTAATCATGGATTAATTAGGCTCATAGATTCGTCTGGATTAATTAGGCTTAATAGATTCGTCTTGTGAATTAGTCCAAGATTATGGATGTGTTATATTAATAGTCTACGTTTAATATTTGTAATTAATATCCAACATCCGATGTGATAAGGACTTAAAAGTTTTAGTCCCATCTAAATAGGGTCTTAGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR445d 2e-22 -46.8 .........(((((((((((((((.(((((.((((((((((((((((((.((((((((...(((((...((((.........))))....)))))........))).))))).....)))))))))))))))))).))))).)))))))))))))))........ (-46.8)