mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATCCCTTATATTATGGGATG TCCCATAGTATAATGGATTTT AACTAGAGTGATACTCCCTCTATCCCATAGTATAATGGATTTTGAAAAGAAGTGATATATCTAGGACTATGAATGATAGTCATAGATACGTCGCGTCCCTCTAGAATCCCTTATATTATGGGATGAAGGGAGTATTATGCATCG TCCTCTCCGCTGGTGATCGCCCCCTACGACATCAGGGTTGTCGGCGTCGTCGTCGGACGGAACAAGAGGATCATCAACAGCATCCTGCGTCGCAGCCTGCAGAAGAAGGTGATCACCAGGCCGCCACTAATGGCAGCTCATCAGTCAGGGAGGAGGTCCGGCGCCGGCGTGGCTGGTACAACCACCCATGGCGGCGGCGGCGGCGGGGTGATGAGAGCGCGGCGTGTGCCGGTGAGCGGCGGCCGGGGAGGAGGAGGGGTGCAGCACAACAGGGAGAAGCAGAGAGGCTGGAACAACGGGACCAGCCTCAGGCAGCTCAACTAGAGTGATACTCCCTCTATCCCATAGTATAATGGATTTTGAAAAGAAGTGATATATCTAGGACTATGAATGATAGTCATAGATACGTCGCGTCCCTCTAGAATCCCTTATATTATGGGATGAAGGGAGTATTATGCATCGTCACTCAGCTCAGACGGGTGAGTGAAGGAGAGACTTATAGAATTGGGAGTAGTTTTAGGAGGGTTTCAGGTGTTGATACCTCATTAGATTGTGTGGTGTCGTGGGTGTGCTTGAGTTCTCGAGTATTGTGAGAGAACTCTTTGCTGATGTTTCATTGTGTTCATAGATTGATGATTGGATTGGTTGATCTGGCTGCCAGATCTTAGATTGCTGGAGTGTTTGATCTGGCTGTCAGATTCTATTTTACGAAACTGTTTCTTGCTCGGATCAGGTTACAAGTGTTTTCCA 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 0.000000002 osa-MIR818d 0.00000003 -62.3 .......((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((....((.(((((.((((((.((((((.....)))))).)))))).))))).))....)))))))).))))))))))))))).))))))))))))...... (-62.3)