mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAGTCATTCTAGCATTTCTC GAAATGCTAGAATGACCTGTA AGATAAATAGTACTCCCTCCCTTTCACAATTTAAGTCATTCTAGCATTTCTCATTAACGTGAGAAATGCTAGAATGACCTGTAAAACCGAGGAAGTATCTCTTATGGTACT ACACCAAGACATCTACCAGATTCCTGCATCACCAGCACGTTAACATGAGCACATAAGAAAGCACTACTATGGAAGCCATCCGTCCATAAATCCCTACGGGATCATCCCTGCAGGCCCTAACATCGATTACAACCCTCCACACCACAGAGAGAGGGTTTAGTGCCTAGGAGAAGATAAATAGTACTCCCTCCCTTTCACAATTTAAGTCATTCTAGCATTTCTCATTAACGTGAGAAATGCTAGAATGACCTGTAAAACCGAGGAAGTATCTCTTATGGTACTTTCTTTATTGAGTCACTAGGCTTCGTTGCTATGGTATCGAGGCTGTGGCTAATAATGCTTGGAGGGTTGTTTGTGTTTTGGTTGTTGTATTGTAATACACGGATTGGAAAAAAAAAAGTTACCGATAAAGAATAAGAAGTATCACTCGACC 3 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 0.0000000000004 osa-MIR809f 0.0000000000004 -38.3 .........(((((.((((..(((.(((......((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))))).))).)))..)))).)))))............. (-38.3)