mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTCCATCCCAAAATGTAGTT CAAAATTTTGGGATGGAGGTA ACTGTATACTACCTCCATCCCAAAATGTAGTTACCTAGTACTCAACTGGACACCTCCTAGTACTATAAAACTGGACCAGGGGTGTCCAATTTCGTACTAGGTAGCAAAATTTTGGGATGGAGGTAGTAATGTT CTGATTTTGATCAAGATGGACATCTGGAAAATCCTAATGAAATGGACCAGATTGAACTGATGGTGGAACCTATATGTGTGGATCACAATGATTCCGACAATGTGCTCTCATCCAGCCCGTCAGCTCAGGCACTGGAGGAGAATTGTGAAGTAGCAAAGGCAGTCAATGGAAATGTCGATCCAACCACCCAAGTTACTGGCTCATCTACCCCACAACAGGACACAGATGTCAAACTAGTTGCTGAACAGGAAAACCCAGGCACAACAGAGGGCAACTAACTATAATGGTGTCCCCTCATCTGCAGAGGAGACAGGCGATTCTGATTTCACCCCTCATCATGTCACCTTTGTATAGTGACTAGTTATGTTTGCCATGTTGATTTTTTTGACATTAGAAGTTCTTTTTTTTGTATTTATATTCATTGATGGTAGTATTCTGCTTCATCTCCAATGTAATATGGGAATGGATATATTAAGCCCTAGTGTATACTGTATACTACCTCCATCCCAAAATGTAGTTACCTAGTACTCAACTGGACACCTCCTAGTACTATAAAACTGGACCAGGGGTGTCCAATTTCGTACTAGGTAGCAAAATTTTGGGATGGAGGTAGTAATGTTTTCCTTAGAAGATGCTTAACTTTTATAAAA 3 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 0.0000001 100 -67.4 ......((((((((((((((((((((...((((((((((((..((.((((((((.(((.((.(((......))))).))))))))))).))..))))))))))))...))))))))))))))))))))..... (-67.4)