mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGACGTCGACGATGATGTCGT GGCGGAGCGACGACGTTGGT GCGGGCATCGGCGGCGGAGCGACGACGTTGGTGCTGCTGCTCCAGCAGTCGACGTCGACGATGATGTCGTCGTTCCAGA AACACACACCCATTCATATGGATGTGTACGCAGCTAGCTATAGCTAGCAGCTGTTACATATATATATATTTATATAGTACTGATCAGAGATTGAGATGCAACTGCAAGTTGCGCTATAGAACGAGTTACTAACATGTATATATTAATTCCTCCGTCGATCCCTATATGCAAGCTAGTAATTACAGGAATTAGCAGCTGTAGCAAGGATGTAACAATTGAGATGAGCTGAGTACTCCCACATGATTAGGAGGCATCGATCGATCGAGTTGATGTAGTCGTCATCGTCTTGGCGGCTGATGGATGATATATACTATCCCCAGAGAGGTAGCGAATAATCCGAGCAGAAGAAGGCGTCATCGATATCCCAAAGCGGCGAGGCGGGCATCGGCGGCGGAGCGACGACGTTGGTGCTGCTGCTCCAGCAGTCGACGTCGACGATGATGTCGTCGTTCCAGAGAGGATGAAGGAACAGTTGGTGCTGGTCCTCATGATGTTGGGCCTGCAGGCTGCCACTGGCCGACGACTCATCCTCTGGCTGCGGCTGCTGCTGCAGGTTGCTGTTGCTGTTGGAGGAGGACCAATAGGAGGAGGAGTTGCGGTCGTCGTCGTCGTCGTTGTCGTTGTGGTGGTCGTCGGACTGCTGCTGCTTTTGCTGTTTGAGCTTGAGCTTGCACACGTGGGTGCGCCAGTAGTTCTTGATCTCGTTGTCGGTGCGGACAAGAATGCTCTTGG 4 1 3' arm Oryza_sativa mirnest 100 100 -35.5 ..(((...((((((((...((.((((((((..(((((((...))))))))))))))).))....)))))))).)))... (-35.5)