mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATAAAGCTAGGTTACCAAAGGC CTTTGGTTATCTAGCTGTATGA GAAGTGAAAGCTCTGTTTTTGTCTTTGGTTATCTAGCTGTATGATTGAAATAGAAACATTATAAAGCTAGGTTACCAAAGGCAAAAATGGTGACTATACTC 2 0 3' arm Lottia_gigantea mirbase mir-9 0.0000000004 lgi-mir-9 5e-52 -37.6 ..((((....(.(((((((((((((((((.((((((((.((((((............)))))).)))))))).))))))))))))))))).)....)))). (-37.60)