mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGCGAGATAAATCTATTGAGC CTAAAAATTCGTCTCATGAA ACAAAACCTATTCTATAATCTTAGACTAATTCGCGAGATAAATCTATTGAGCCTAATTAATTCATGATTAGCCTATGTGAAGCTACCGTATAAATATGCTAATTATGGATTAATTATGCTGATAAAATTTGTATCGCATATTAACTCTCATTTATGTAATTTGATTTATTATTAATTTATATGTAATACTTCCAGTTAGTGTCTAATATAGTCCTTGGCACATCGGATGTTTAGACGCTGATTTCGAGAATTAAATATAGACTAATTATAAAACTGATTGCATAAATGAGAGCTAATTCACGAGATAAATTTTTTAAGCCTAATTAATCTATAATTAGCACATATTTAATGCTAGCATCACATACACTATAATCATGGATTAATTATGCCTAAAAATTCGTCTCATGAATTACGTCTTATTTATGCAATTA CTATTCATCGCAAGGAGCAAAAGCAGTTTCAGTTCCAACCTCCTTCTGGTTCCATTGCTAAGAAGTAAGTTAATCTCTCTTTCTTGCTTCCTTCTGATGGATCCTTGCTAGTAGTAGTATTACTCCGAGCATGTTTAATTTGGTTGCTACCTGAGAGAAGCATGCCTGGACTTATGTCCTGTTTGAATCCAGGGACTAAATCACATAGAATGTTTGATATTAATTAGAAGTATTAAACGTAGACTAATGACAAAACCTATTCTATAATCTTAGACTAATTCGCGAGATAAATCTATTGAGCCTAATTAATTCATGATTAGCCTATGTGAAGCTACCGTATAAATATGCTAATTATGGATTAATTATGCTGATAAAATTTGTATCGCATATTAACTCTCATTTATGTAATTTGATTTATTATTAATTTATATGTAATACTTCCAGTTAGTGTCTAATATAGTCCTTGGCACATCGGATGTTTAGACGCTGATTTCGAGAATTAAATATAGACTAATTATAAAACTGATTGCATAAATGAGAGCTAATTCACGAGATAAATTTTTTAAGCCTAATTAATCTATAATTAGCACATATTTAATGCTAGCATCACATACACTATAATCATGGATTAATTATGCCTAAAAATTCGTCTCATGAATTACGTCTTATTTATGCAATTA 5 1 5' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR445d 4e-22 -138.4 .........(((.(((((....(((((((((((.(((((.(((...(((.((.(((((((((((((((((...(((((((.((((.(((.((((((((((((((((((((((((((.(((...(((((((((.(((...((((.(((((((((((((((((...(((((.((((.(((((((.((((.(((..(((((((((((((....((((..........))))..)))))))))))))..))).)))).))))))).)))).)))))...))))))))))))))))).))))...))).)))))))))...))).))))))))))))))))))))..))))))))).)))).))))))).....))))))))))))))))).)).)))..))).))))).))))))).))))...))))).))).. (-138.4)