mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTACATTGTGAAACAGAGGGA CCTCCGTTTCACAATGTAAGT TATGTAGTACTCCCTCCGTTTCACAATGTAAGTCATTTTAGCATTTTTCACATTCATATTGATGTTAATAAATCTAGATAGATATATATATGTCTAGATTCATTAACATCAATATAAATATGAAAAATACTAAAATGACTTACATTGTGAAACAGAGGGAGTACGTACG ATGGTCCAGAGTCTCACGGCAACCGTGTCCGTCCGCGCGCGCTCCTGCTCCACAACTGCAAAAGATTCCGCTTCCACCGCCCACCACCGGAGCTCAAGATTCCACATGATCGTCTGGTCGACACTCGACAACGCACTCCGTCACTCCTACGATGAATATACCGCCATGGGGATTCCCTCCAGTCCGCAGCTCTAGCTCACAAACACCCAAGAAACCTCCCCGATGCAAGGCGCCATCACGCGCGCCCGCTTGCAGCACCGCCCAGCTAGATTCCACCGCGCCCCGTACCGGTGCATCCCAGTGACGACCACGACATGCTTGCCGGAAAGGAGAGTCCATCGCGGCGGCGGCGTCCAGTGGTGCGGCAGTAGTGCAGCCACCGGCGAGAGGGCCCGGGCCGTCTCCGAGGTGAGAGCGGCGGGAGCGCGCGGCGGCGACGCGCGGCCGCCGCCTCAGGGGGAGGGAGATGTGGCGGCGGGCGTGGCAGAGGCGCCGTCTTCGGGCGGTGGCGCGAAGCGGGGGAGCGTGGTTGGCGCCGCCGCGCTCGTGGTCGGGACCAGCATCGGCTCCGGCATCCTCGCCGTGCCACAGCGCACGGCGCCCGCGGTGAGTCGCCGTACTACCCTACACCTGACGAGCCTATTGCTAGCATCATCACAATCAGAATCCCTAAAACGAACGATCGCCTGCGCCGATTTCGACATGTGATCAACACGGTGCATGATTTTAGAGGAAGACAACGCGAAAAAAATCGATGGAATCAATCACCCTCTTATGTAGTACTCCCTCCGTTTCACAATGTAAGTCATTTTAGCATTTTTCACATTCATATTGATGTTAATAAATCTAGATAGATATATATATGTCTAGATTCATTAACATCAATATAAATATGAAAAATACTAAAATGACTTACATTGTGAAACAGAGGGAGTACGTACGTACGTGTGTATGTGTGTCTGTCTGTCATTTTGGATCATGCCATTGCAAATTTATTGTATTAAAAAAATACATGCATGTACGTACGTACGTGTGTCTGTCGGTCATTTTGGATCATGCCATTGCAAATTTTACTGTATTAAAAAAATACCACTATTATTTT 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 3e-49 osa-MIR809a 2e-52 -87.5 ...(((((((((((((.((((((((((((((((((((((((.((((((((.(((.((((((((((((((.((((((((((..........)))))))))).)))))))))))))).))).)))))))).)))))))))))))))))))))))).)))))))))).))). (-87.5)