mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAACATCAATATAAATGTGGA CACATTTATATTGATGTTAAT TTATTATAAGATACTCCCTCCGTTTCGCAATGTAAGTCATTCTAGTATTTCTCACATTTATATTGATGTTAATGAATCTAGACATATATATTCATTAACATCAATATAAATGTGGAAAATGCTAGAATGACTTAACATTGCGAAACGGAGGAAGTATATATTTAT TGTTGTCGCTATAATATCAAATGGAACTTTACCAGTGGCCTGCAAATGAGATTATTATAAGATACTCCCTCCGTTTCGCAATGTAAGTCATTCTAGTATTTCTCACATTTATATTGATGTTAATGAATCTAGACATATATATTCATTAACATCAATATAAATGTGGAAAATGCTAGAATGACTTAACATTGCGAAACGGAGGAAGTATATATTTATTATTTATCGTTTTATTATTCTTTTATTTTTGACAGGTAACAAGCCTTTTAACTTCTTCAGTTAATCAGGACCAAGTCCAGCTTTGGTAGTTTCTTTGGATTGGCCATCAAGAATCACATGCACATTCGCGTATGCATGTGGAGTTCCAAAACCAATGTTGCATGATTACGTACCGATCTCTGTAAATCAAAATGATGGCATACCGAGTTTGGTGTTATGTATACATTGTCGTGCATGATCGTATACAGATTTTTGCCGTATC 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 3e-49 osa-MIR808 3e-36 -86.8 ..........(((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((.((......)).)))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))).))))))))))))))))).)))))........ (-86.8)