mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCATCAATATAAATGTGAG CATATTCATATTGATATTAAT CACAGTCCTCTGTTTCATAATATAAGTCATTCTAACATTTTTCATATTCATATTGATATTAATGAATCTAGATAGATATATATGTCTAGATTCATTAGCATCAATATAAATGTGAGAAATTTTAGAATGACTTACATTGTAAAACGGAGGGAGTA CCGGAAGAGGGCTGTGCCTGGTCCCGATATCGAGCACCTTCGCCGTCGCCAGCGAGACGCCGGTCGATTTCTGGACGCCGTTCGGTGCAGCCTTCCGGTAGCTCGATCGATCGCTAATTAACTACTACTACTACCACCAAGCTACTTGCTCTGTTTCACAGTCCTCTGTTTCATAATATAAGTCATTCTAACATTTTTCATATTCATATTGATATTAATGAATCTAGATAGATATATATGTCTAGATTCATTAGCATCAATATAAATGTGAGAAATTTTAGAATGACTTACATTGTAAAACGGAGGGAGTAGCTAGCTAGCTGAGATCAGCCAGAGCTCAGCTTAATTAACAACTAGTAATTAACTAGAAATGCTTCACACAAAAAGCTAGCTATATATCTAGCTAGATTGCTAATTAAGTTATATGCTCACACCCATATACATGATGGCAATATATAGCTAGCAACAGCTCCTACTGTTGCATATATATAGCAGATACACACATTGCATACCCTAATTAATTATTAACCGATCGCAACTAATAGTACTGAACTAATCAAAATAGTACTACTAGCTAGTACTAGTCAGAATGAATGCGTATAATATATGCTGTAACTGAATTAGGTATATATATATATACTTCAG 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 4e-54 osa-MIR441c 1e-50 -71.9 .((..((((((((((.(((((.(((((((((((((.((((((((((((.((((((((.((((((((((((((((........)))))))))))))))).)))))))).)))))))))))).))))))))))))).))))).)))))))))).)). (-71.9)