mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAACATCAATATAAATGTGGG CACATTCATATTGATGTTAAT AGTGGAGATGATTATGTATTATACTCCCTCCGTTTCACAATATAGGTCATTCTATTATTTCCCACATTCATATTGATGTTAATGAGACTACATCTATTTAAGTTTCATTAACATCAATATAAATGTGGGAAATACTAGAATGACTTACAGTTGTGAAACGGAGGAAGTAGGAGATTTATAACTTGTTG GAGGTGGGCATTAAGTTCAGAGATGTGGAGGAGATGTTGGACGACGCCGTCGACTCGCTCAGAGCTCACGGGTACCTGCTGAACAGCGTACCATGACAATTGACGACAAATTTATCAGAATTCAGAAGTTGGGTATGGCCCCCACGAAGATGAAGCTGTAGGTAGAATCATCAGTGGCACACAGGAGAGATGGTGCTGTGTGTCAGAGAAGGTTGTGCGGTACTGAAGAAGTGGAGATGATTATGTATTATACTCCCTCCGTTTCACAATATAGGTCATTCTATTATTTCCCACATTCATATTGATGTTAATGAGACTACATCTATTTAAGTTTCATTAACATCAATATAAATGTGGGAAATACTAGAATGACTTACAGTTGTGAAACGGAGGAAGTAGGAGATTTATAACTTGTTGAGAAAACGTTAAAC 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 2e-72 osa-MIR809d 5e-29 -86.7 ......((((((((((.(((.((((.(((((((((((((((.((((((((((((.(((((((((((((.((((((((((((((((((((...........)))))))))))))))))))).))))))))))))).))))))))))))..))))))))))))))).))))...))).))))).))))). (-86.7)