mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCAGGTTTGTAGCTAGAATT ACTTTAGCTATGAATCTAGACA GAGCTTAGCTAGATGGTACTACTCTGTCCCATAAAAAAACAAACTTTAGCTATGAATCTAGACACGCATATGTCCAGGTTTGTAGCTAGAATTGTTTTTTTTTTTACGGAGGGGTAGCTGCTAGCACCAGTT GGGACAAAGCTGGGTACCGGGCCCCCCCTCGAGTTTTTTTCTTTTTTTTTTGATCTTAATTACGTACGCGCCGACTTAATTAATTCACACGCGCGTATACACGTTGAAAACTTGACCCGTAGGTATACGTACATTTATACGTAGCAGCATGCTTGCATGCAATTATGGCGCCTACTAATTGATCGGCTGATCATTGCTATGGCTCATCGCTCGCCGTCGGTCTCGTTGCGCCTAATTTGGGGTGGATTCGAGCTTAGCTAGATGGTACTACTCTGTCCCATAAAAAAACAAACTTTAGCTATGAATCTAGACACGCATATGTCCAGGTTTGTAGCTAGAATTGTTTTTTTTTTTACGGAGGGGTAGCTGCTAGCACCAGTTGCCGAGGGCGTGGGCGTCGAAGTGCACCGCCGTGTCCTTGCTGTCGCCGCCGCCATAGATGCCGCCATGGTTGTACGGAGGTAGCTGGTGGTTGTAGCCGTCGAACACGTAATCGGACCACTTGAGCTCGTCCAGCGCGGCGCCGTAGTGGTCAAACGTGGCGGCGGCGGCGGAGGAGGAGGGGGTGGTGGTGCTTGGGCCCAGCTCCAGCCATGGGAGGTGGTTGGTGTTGCCGTACTGCTC 2 1 3' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR1439 0.0004 -44.5 .......(((((.(((((((.((((((.....((((((((((..(((((((((((((((.((((......)))).))))))))))))))).))))))))))....)))))).)))).))))))))....... (-44.5)