mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTAATAAGACGAACGGTTA ATCATTCGTCTTATTTAAAA ACTTTTTACTTGATCATTCGTCTTATTTAAAAAATTTAAGTAATTATTTGTTCTTTTCATATCATTTGATTCATTGTTAAATATACTTTCATGTACATATATAGTTTTACATATTTCACAATTTTTTTTAATAAGACGAACGGTTAAACACGTGC CGGAATTCCTCGAGCACTGTTGGCCTACTGGATTGCATATTTGCATGCGGGAGACGAACGTCTCCCCGTCGTGGCGGCGGCGGGCGGCCTGCATGCCGATCTGGGAAGCATTCGCAGGTTAGGCAGCCGCAGGAGCCATGACTTCCCGTACGGCAAACGGTCGCGGAGTCGCGGTGGTGGCCAGGTGAGTTTAATTCTCTGTGCAAGTGCAACGGGAAGTATGGATCGAACGGATCGTCCTCCAGTTTTGAATAGTTCAGGGCTGCGCCTTCGTATGCCGGTCAACCTGAGTGCACGGGGAAGAGAATTGGTGTTGTTTGTCCTATCCAATCTCGATCTGTGCCAAAAAGATTACTCCCTCCCTCCGTATCAAAATATTTGGCACCGTTGACTTTTTACTTGATCATTCGTCTTATTTAAAAAATTTAAGTAATTATTTGTTCTTTTCATATCATTTGATTCATTGTTAAATATACTTTCATGTACATATATAGTTTTACATATTTCACAATTTTTTTTAATAAGACGAACGGTTAAACACGTGCTAAAAAAAA 2 1 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 2e-49 osa-MIR806a 2e-43 -25.4 .........((((((.(((((((((((.((((((((.(((((..((((((.......((.(((....)))....)).)))))))))))..(((((............))))).......))))))))..))))))))))).))))))........ (-25.4)