mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTAAATAAGACGAACGGTCA ACCATCCGTCTTATTTAAGAT TACTACATAGTACTACCTCCGTTCTATTATAAGTGCAGCATGTTTTTCCGCGTTCAACTTTGACCATCCGTCTTATTTAAGATTTTTTTGAAAAAATTTAAAAACATAAGTCACGAGTAAAGTACTATTTATGTTTTATCATCTCATAACAACAAAAATACTAATTATAAAAAAATTTTAAATAAGACGAACGGTCAAAATTGGGCGCGGATACTTATGGTTGTACTTATAATGGGACGGAGAGAGTATTCAAGTA TTGTCACAGCTGAACCGACAGATGGCACCCAATTTTGGCAAGCTAAACAAATCATTAGCTGAACTGGTTGATGATTACAGCATGGTGAATTTCATCCCACTTGACTTAAGAAAAGAGAGCAGCATTCAGTATGTGCTGTCGCACATCGACAACTGCATCCAGTATGGGGAAGACGCAGATGTGAAGGTTAGGGACTTCGATCCCGAGGAGGACTAATCATTTGATCGCGTAGGAGCTAAAAAAAATTACTATCGCAGCATTGGTACTACATAGTACTACCTCCGTTCTATTATAAGTGCAGCATGTTTTTCCGCGTTCAACTTTGACCATCCGTCTTATTTAAGATTTTTTTGAAAAAATTTAAAAACATAAGTCACGAGTAAAGTACTATTTATGTTTTATCATCTCATAACAACAAAAATACTAATTATAAAAAAATTTTAAATAAGACGAACGGTCAAAATTGGGCGCGGATACTTATGGTTGTACTTATAATGGGACGGAGAGAGTATTCAAGTATGCAGAAAACATCGCAGGATTACAATGTTGTTTCCGTATGAGTCCTATCTGTTGATCAACAAGACAGAATGCTATAATCTGCAACCTCCTGTAAATCAAGCCGTACGTTCTCTGTGTAATCGGTTGACTGGTTGGCATTAACAAGCTGCTGCTTGCCAGAAAAGAAAAACATGACTTTTCTGAATGATTTGAA 3 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 7e-57 osa-MIR812k 3e-37 -87.3 ((((....((((((..(((((((((((((((((((((((..((...(((((((((((.(((((((...((((((((((((((((((((((....((((..(((((((((((....((((...))))))))))))))).........................)))).))))))))))))))))))))))...))))))).))))))))))).)).....)))))))))))))))))))))))..))))))..)))) (-87.3)