mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGAATAAGACCAACGGTCA CACATTCGTTTTATTCAAAAA CTTATATAGTACTCCCTCCTTCCCTAAATATTTAACACCGTTGACTTTTTAAAACATGTTTGCACATTCGTTTTATTCAAAAACTTTTGTGATATGTGTAAAACTCATATGTATACATAAAAGTCTATTTAACAATAAATCAAATGATAGAAAAAGCAATTAACAATTACTTAAATTTTTTGAATAAGACCAACGGTCAAATATTTTTTAAAAAGTCAACAGCGTCAAACATTTTCGGATGGCAGGTAGTACATATTT TCTTGTTGAAAACAAAAATGTTGGATGTAGCTCGTAAACCAGCAAAGCGTACCAGCTCTGTGCCCAAAAAGATTACCAGACTAGCAAGCTCATATAGTCATATGTACATGCATTTCCTTTTCCCCACTTATATAGTACTCCCTCCTTCCCTAAATATTTAACACCGTTGACTTTTTAAAACATGTTTGCACATTCGTTTTATTCAAAAACTTTTGTGATATGTGTAAAACTCATATGTATACATAAAAGTCTATTTAACAATAAATCAAATGATAGAAAAAGCAATTAACAATTACTTAAATTTTTTGAATAAGACCAACGGTCAAATATTTTTTAAAAAGTCAACAGCGTCAAACATTTTCGGATGGCAGGTAGTACATATTTCACAGTTTAACTAAACAACCACAGTCCACAGTCCCCAGTCCACAGGGATAAACAAGTCAAGGAAAACCGTCATTTCCCAGGTTTCGTTCTTTTCAGAGCAACAATCCTATTGGTGTAGAATATCCANCCTAGAACATAAGACAATGTCCTCCATTCTCTACAACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATTGGAATTGGCTCATCAGACATACCGTTCTGCGTGCATGTGTCCTCACATGTAAAACTTCATATAGGCCCTAATCACAAAAGAGATAACAGAAACGGAAACCCCGAGACGCAAAACTCAAATTGATAACCGAAAAAAGACATATAGACACGCAAGCGACGAACGACAACGAGGCTCGCTCCCGCATCCCAAAANNNAAGTAACACACAACACAAATTATAACGACAAACAAAAACCAACAAAACACACAACAAAAACCAACAAAAACGAAACAACCCAACAACAGACAACAAAAACACAACAACACAAACAATACACAAACAAAACAACAAAAAAAACAACACACAAAAAACAAAAGAAACAAACAGA 2 2 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 6e-82 osa-MIR806h 4e-52 -62.6 ........(((((.(((((.(((..((((.(((.((...(((((((((((((((.(((((((.((.((.((((((((((((((((((((((((((((((.......)))))))).))))))))((((((................))))))..(((.((((...)))).)))....)))))))))))))).))..))))))))).)))))))))))))))...)).))).))))..))).)).))).)))))...... (-62.6)