mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CACTTTATAGTACAACGAATC TTCGTTATACTATGAAGTGTC AGAAAATATAACAATCTAAAACCGGATGTGACACTTTATAGTACAACGAATCTGGACAGAAAACATATCTAGATTCGTTATACTATGAAGTGTCTCGTTCGGTACTAGATTGCTATATTATA GGACCCTACTACCCTTTGGAGCTGGGGCGGCTTGACGGCAAGGTCGGGACGCGCGCCGTGGTGAAGCACAGCCTCCCCGGCGCCGCCTTCGACCTCGACCAGCTCAACAAGCTCTTCGCCACCAACGGCCTCACCCAGACCGACATGATCGCCCTCTCAGGTATCAAAAACATGACAAATTTTACAGTACCAAAATTTTGTATTCTGAGTGCCAAATTCTACACTAGAAAATATAACAATCTAAAACCGGATGTGACACTTTATAGTACAACGAATCTGGACAGAAAACATATCTAGATTCGTTATACTATGAAGTGTCTCGTTCGGTACTAGATTGCTATATTATAGGACGGAGAGAGTATCTTCTTAAGAATTATAAAATCACTCTAAATCGCTATAAAATTGGGAATTCTCGGTGTTAAATGTTACAATAGAATAGAATATATGGTATCTTGGAGTATCTTGAGCTATATCTTCTTAAAAATTGTAAAATCACTCTAAAAACGTACTAACACAAATTCCTTTTTATAAAATCAAATTCTAAAACTAATTTATAAAATTCAAATGAACTTTTGGGTGAATCTGTTTTCATCGTCTGCTTGTTAGCTTATCAGTCGTAACGAATGTGGTGCAGGAGGGCACACGATAGGGGTGACGCACTGCGACAAGTTCGTGCGGCGGCTGTACCAGTTCAAGGGGGCGGCGCCGCAGTACAGCCCGCCGATGAACCTGGCGTTCCTGCGGCAGATGAGGCAGACGTGCCCGCTCAGCTACAGCCCGAC 1 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 1e-25 osa-MIR814c 3e-17 -54.1 ....((((((.(((((((..((((((((.((((((((((((((.((((((((((((...........)))))))))))).)))))))))))))).))))))))..))))))).))))))... (-54.1)