mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCTGGTGGTGCTCCTGCAGC TGCTGGTTACTTCACTGGTGAA NCTGCCGGTGGTGCTGGTGGTGCTCCTGCAGCTGAGGCGAAGAAAGAAGATAAGGTCGAAGAGAAGGAAGAAAGTGATGATGACATGGGCTTCAGTTTGTTTGACTGAGTGATGCGGTCNCCTCTTNTATCATCAATACCAGACTTTGCGCAGGAAACTANAGTGATGATGTTTGGGATTTTAGCTTTTNTTCTTTAGTTAAGTTGAAAACNCTTGAGGAAAGACTATGCTTCCTACTATGTTTTGATATGTAGTAACNCAGCCATAGGTTGCTGGTTACTTCACTGGTGAACCATGCTT GGAGAAGTTTGCTTCAGTTCCATCTGGTGGTGGTGGTGTANCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTNCTGCCGGTGGTGCTGGTGGTGCTCCTGCAGCTGAGGCGAAGAAAGAAGATAAGGTCGAAGAGAAGGAAGAAAGTGATGATGACATGGGCTTCAGTTTGTTTGACTGAGTGATGCGGTCNCCTCTTNTATCATCAATACCAGACTTTGCGCAGGAAACTANAGTGATGATGTTTGGGATTTTAGCTTTTNTTCTTTAGTTAAGTTGAAAACNCTTGAGGAAAGACTATGCTTCCTACTATGTTTTGATATGTAGTAACNCAGCCATAGGTTGCTGGTTACTTCACTGGTGAACCATGCTTTTGCTATCAAAATTCAATGCTTAATGGAGGATGAATTGTGCTCGGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 5 1 5' arm Oryza_sativa mirnest 100 100 -70.5 ...((.(((..(((((((((....((.((((((..(((.(((((.((((.((((((((((.(((..((((...(((.......)))...))))..))).)))))))..((((((.((......))..)))))).(((.((((((.((((..((....))...))))....)))))).)))))).))))..)))))(.((((.(((((((.......(((((.........)))))......)))))))......))))..))))...)))))).)).....))))))))).)))..)).. (-70.5)