mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGACGCCGTTGACTTTTGT AAAAGTCAACAGCGTCAAACA TACTCCCTTTATCCCGAAATGTTTGACGCCGTTGACTTTTGTAAAAATATTTGACTGTTCGTCTTATTTAAAAAAATTTAAATAATAATTAATTCTTTTCCTATCATTTGATTTATTGTTAAATATACTTTTATATATGCATATAGTTTTACATATTTCACAAAAGTTTTTGAATAAGACAAATGGTTAAACATACTTTAAAAAGTCAACAGCGTCAAACATTTAGGGAAGTAAGGAAT GTCAGCCAATTCAAAGGACGAGGACGACATAGCCTTCACGGTGCTCTATGGCGACAAGATTGTGTAAATATTCATACTCCCTTTATCCCGAAATGTTTGACGCCGTTGACTTTTGTAAAAATATTTGACTGTTCGTCTTATTTAAAAAAATTTAAATAATAATTAATTCTTTTCCTATCATTTGATTTATTGTTAAATATACTTTTATATATGCATATAGTTTTACATATTTCACAAAAGTTTTTGAATAAGACAAATGGTTAAACATACTTTAAAAAGTCAACAGCGTCAAACATTTAGGGAAGTAAGGAATATTTTGGGTCTATTTTCAAAATAAATTTTATTAAAGGTCGATTTGTCAGAATTTCGGCTGTTTTGATGTATATATGTGCTTTACGTGTCTAAATTCATAGAATAGAGAGTACTAAAGTAAGCACTGAGCACTGAGGCATCATTTCCTTCATTTCGGTTTCGAAAGGAGGTTGGAAAGAGACAATTGGAGCATTATGCATTTAATTAC 3 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 1e-113 osa-MIR806h 8e-44 -68.3 .....((((..((((.(((((((((((((.((((((((((..((..((.((((((((((.((((((((((((((((.((((((.(((..............))).)))))).)).((((.((((((....((((((....))))))......)))))).))))...)))))))))))))).)))))))))).))..))..)))))))))).))))))))))))).))))...))))... (-68.3)