mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGTAAGTCATTCTAGCATTT ATGCTAAAATGCACTAACCATTG ATATACTCCCTCCGTTTCACAATGTAAGTCATTCTAGCATTTTCCATATTTATATTGATGTTAATGAATCTAAACATATATATTTATCCTAGATCCATTAATATTAATATGACTGTGGGCAAATGCTAAAATGCACTAACCATTGGTGAAACCAGAGGGTAGT TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCCCAAACATAAACTTATTTTGGTTATTATATACTCCCTCCGTTTCACAATGTAAGTCATTCTAGCATTTTCCATATTTATATTGATGTTAATGAATCTAAACATATATATTTATCCTAGATCCATTAATATTAATATGACTGTGGGCAAATGCTAAAATGCACTAACCATTGGTGAAACCAGAGGGTAGTACCATATATATACTGGGTACATATCATAACTCAATTCAAACGCTGTTGCCATGACCATGACGCAATATCTCATTGGGTGAGAACAGGCCAACTTCACTTAAACCAACGGCCGCCCACCTAATAGACCAGAATCCCTCATAATGACACCACAATAATGAGAGGGCAAAAACGTGGCCACCCAAGGACTAAACCGAGACCGCAATACTCAGAGACGGAATCCCCAAGGAGTCTCCAAGAGGGTGGCGCAAGATAAGATGA 2 2 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 4e-42 osa-MIR809d 4e-29 -55 ....((((((((.((((((((((((.(((((((.((((((((((((((.(((((((((((((((((.(((((.................))))).))))))))))))))))).)))))).)))))))).)))).))).).)))).)))))))..))))).))) (-55)