mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATATAAGTCATTCTAGCATTT ATACTAAAATGACTTACATTG GCCTCCAAACATCTACTCCCTTCGTTTCACAATATAAGTCATTCTAGCATTTTTCACATTCATATTTATATTAATGAATCTAAACATATATCTATTTAAATTCCTCAATATCAATATAAATATGGGGAATACTAAAATGACTTACATTGGGAAACGGAGGAAGTACTGAATACTGAT GCAAAGGAGCAACCCTTGGGGTAATCTCTCCCAGGATTAAAAGAAACCAATCACAAGCACTTTGGATTCATGCTACAAAAACTTTGGATTATTGAAGCAGCTAATAAGCTGACACATTCATAGTCAGCTGACATGGGGGCCTCCAAACATCTACTCCCTTCGTTTCACAATATAAGTCATTCTAGCATTTTTCACATTCATATTTATATTAATGAATCTAAACATATATCTATTTAAATTCCTCAATATCAATATAAATATGGGGAATACTAAAATGACTTACATTGGGAAACGGAGGAAGTACTGAATACTGATGATATAGTAGCAGCACGTCGTTGAGGGCACATTCGTGGGCCCACCCGACTTGCTATATATACGGAGGGGCATGGTTTTCTGTTAAAAACGTAAAAGGCGCAGTAACACTATCTTTACAAAATCTCATCCAAAACTATATCAGCACAACCATTTAAAGGAATGAGGGTGCCTCCCTGGGAAAACGTGCCAAATTGTCCCAAAAGCACAATGAGGGTGCCAGATTATCCAAAAGGCACAAGTAGACATCCCCCCCCTTGGGCAGTCATATTACTCTAGGGAACTTCAATCCCTTGCAGCACCTCTTCAACTCTAGTTTACCTGCTTAAAAACATCAGTGAACTGTACAGGGAAAGTAATACTTTCCCTATATGAGTCGAAGAGATTATGAACTT 3 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 4e-33 osa-MIR809g 8e-31 -47.2 .............((((.((((((((((.((((.(((((((((.(((.((((((((.(((.(((((.(((((...((((.((((..........)))).))))...))))).))))).))).)))))))).))).))))))))).)))).)))))))))).))))............ (-47.2)