mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATATAAGTCATTCTAGCATTG ATGCTAAAATGATTTACATTA TCGGTAAATTACGTACTCCCTCCGTTTCATAATATAAGTCATTCTAGCATTGTCCGTATTCATATGGATGTTAATAAATCTAGATATATAAATATGCGCAATGCTAAAATGATTTACATTATGAGATGGAGGAAGTACATGTGTGAAGG TTTTTTTTTTTTTTTTACACACAAGTGTACGTTGGTACGAGACGTACGTACGTAGTACTTTCATTACATCAGAAAAAGGCACTGGAAATAAATTTACATATCTCGCGGTACACATGCACCGCGGTAGAGAAAACCAACGACATAAAGCTTAATAGTAGTTGCATGTGCGTACATAAATCCGCAAAGCTTAGTTGGATACAGCAATCATCGGTAAATTACGTACTCCCTCCGTTTCATAATATAAGTCATTCTAGCATTGTCCGTATTCATATGGATGTTAATAAATCTAGATATATAAATATGCGCAATGCTAAAATGATTTACATTATGAGATGGAGGAAGTACATGTGTGAAGGGCTTACAGTTGATCGATCACAAGGCACTGCTGTCTTTCCGGGCTGCAGGGCCGGCGGTAGCTGGACCGCCATCGGTGAATTTGTTGATGCTTCTTGCACGCGGTCTATCTCCATTTCCCCGACCCCCGCCGTTAT 2 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 3e-21 osa-MIR808 3e-17 -55.2 ............(((((.(((((((((((((((.(((((((((.(((((((((.((((((.(((((....(((.......))).))))).)))))).))))))))).))))))))).))))))))))))))).)))))........... (-55.2)