mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTTCTAACATTGCCCACATT TGTGAACAATGCTANGAAATCT CTAACTACTCCCTCCGTTTCATATTATAAAACTTTCTAACATTGCCCACATTTATATAGATATTAATGAATCTAGACATATATATGAATGTGAACAATGCTANGAAATCTTATAAATATGAACGGATGAATACTTTCC GATGATTGAGGGAGACTTATAGAGAATTTATTTTATATCTATTATGATATGAAAATTATTTTTTTCTTATCAATCCCCTCCAATTTTTTCCTTGCGAGGATTAAACGAACAAGCCCTAATGTCTAATCCTCCCAAGGGCTCAGCGCATAAACAAGAATCGGGATCGTCAACAATGGCGACGGGGGAGAAGACGACTCGAGCGGGGAGCGAGTCCTCAGGCCACCATTGGGCGGGTTACAGCTGCAGCGCAGGAGAGGCCAGCAGCCCCCGCCTCTCGCTCCGGCATCGCCCTCCCCCGAGAGACTTCCGCCGCTACATCATCTTCGGTTGCCCTTATCGCCACCCCAAGAAGCCGAAAGCACCCGCAAAAGACAAAGTCCAAGAGAAAGTACCACAGCAGACCATGATTGCTAGCTGGGGCATGGCCAATTATGTTGAATATAATCAAGTGAGATTGGTGAGATTGTTGGTATTTATTTCAGTAGCACGAGGCATCTCGCAGTTGTTGATTTTTCTACAGAACAAGCTGCTGAGAGTGCACTCTACCATTTTATGGGATATCATCTGATGGGACGCCCTTTAAAACTTGCATGGTTCGATCCCAAGGACTTTGCTGTTCTCAGAGATATACCTACTCGTGGGGAGAGAATGCCTAATTATTTAATGCAGACTGTATGTGTGACCGGCTTTGATTCATCCCTCGAGATTGGAACGGTAACTATACTGTTGCTAACTACTCCCTCCGTTTCATATTATAAAACTTTCTAACATTGCCCACATTTATATAGATATTAATGAATCTAGACATATATATGAATGTGAACAATGCTANGAAATCTTATAAATATGAACGGATGAATACTTTCC 5 1 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 1e-26 osa-MIR819j 9e-27 -27.9 ............((((((.((((((((((...((((.(.(((((..((((((((((((.((.((..........)).)).))))))))))))..))))).)..))))..)))).))))))))))))............ (-27.9)