mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAATAAAACGAATGGTCAA GATCATTCGTCTTATTCAAGA AAAAAGCAAATACTACCTCCATATTTTAATGTATGACGCCATTGACTTTTTGTCCAACGTTTGATCATTCGTCTTATTCAAGAAATTTATGTAATTATCATTTATTTTATTATGACTTGATTCGTTATCAAGTATTCTTTAAGCATGATATAAATATTTTTATATTTGCACAAAAATTTTGAATAAAACGAATGGTCAAACGCTGGTCGAAAAGTCAACAGCGTCATACATTACAAAACGGAGGGAGTACTTAATTAA GTTAACTGGTTTTAATATGATTCTAAATCTAAATTTCTTTGTCCACAAGACAATTGTGGTATAAACAAACATTGTCAAATACCCTCAGGGTGTGTTCGGATGCCTCTCTTCCCAACCCCTCTCCCTCGTTTTCCGCGTGCACGCTTTTCAAACTACTAAACAGTGTGTTTTTTTTAAAAAAATTTTCTATATGAAAGTTGCTTAAAAAATCAAATTAATCTATTTTTGAAAAAAAAAGCAAATACTACCTCCATATTTTAATGTATGACGCCATTGACTTTTTGTCCAACGTTTGATCATTCGTCTTATTCAAGAAATTTATGTAATTATCATTTATTTTATTATGACTTGATTCGTTATCAAGTATTCTTTAAGCATGATATAAATATTTTTATATTTGCACAAAAATTTTGAATAAAACGAATGGTCAAACGCTGGTCGAAAAGTCAACAGCGTCATACATTACAAAACGGAGGGAGTACTTAATTAATCACGTGCTAATAAACTGTCCTGTTTTCCGTGCGCACTGTGCACATTCCCATCCCCTGGTAGCGAACACACCCTCAATATTCTAATAGATCACATGTTATCAAATTCATCTCATCATAGTGTCTAACTGTCTATTGCTGCGTTGGATTGCTTGAATCATCTTGCTTTGGCTGAGTACATTGCCGTTTGTGTTCTGCATGTTCAATTTGACTCTACTGACACACTCACTTCTCATCTGGAATTTTTCATATTCAGATAAGTTCGGGTATTTTGATTTTAACTGCATAGCATCGGTGATTTATTTTGCTGTTCANGTCATATA 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 6e-82 osa-MIR1884a 0.000000000000001 -88 .......((.((((.(((((...((.(((((((((((((..(((((((((((.(((.(((((((((((((((.((((((((((..(((.(((((.(((....(((((((((((((((((((.....)))))))..........))))))).))))).....))).))))).)))..)))))))))).))))))))))))))).))).)))))))))))..))))))))))))).))...))))).)))).))...... (-88)