mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGATTCGTTGTATTAGGAAA CCCTAGTATAACGAATNTAGGC CCATAAAAAACCAACCTGGTATTGGAGGTGATATTCCCTAGTATAACGAATNTAGGCAACCTTNTGTTCAGATTCGTTGTATTAGGAAATATCNCCTCCAATAGTAGGTTGATTTTTTGTGGGNCGAA CCATAAAAAACCAACCTGGTATTGGAGGTGATATTCCCTAGTATAACGAATNTAGGCAACCTTNTGTTCAGATTCGTTGTATTAGGAAATATCNCCTCCAATAGTAGGTTGATTTTTTGTGGGNCGAAGGGAGTAATTCAGAAGCATTCAATCCCTTTTCAGACCTCACTTGATGATTCAGGAATCGTGCTTTGCATGACCTCTATGAACATTTTCATTTTTATTGCGTTAAATTGCAAGTAGTGAGATGCTTTGCTGTGTTGTTTCGTTTCCAATAAACTGTAGTTNTTTTCCTTCATTTTTTTTTGTCAATGTTGATGGTTTTCCTGAGTGAACAAGGATATAGATCGTTGTGATTTACGGATTTTGTCAGATCGTGCCGACACCTTGGACACTGACTACTTCAAGGTTTCAGCCAGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 3 1 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 4e-60 100 -55.4 ((((((((((.(((((((.(((((((((.((((((.(((((((((((((((...((..((.....))))..))))))))))))))).)))))).))))))))).))))))).))))))))))...... (-55.4)