mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGGGACGGAGGGAGTACTA GAACTCCATCCGTCCCATAAT GAGAATTGAATGGAACTCCATCCGTCCCATAATATAAGAGATTTTAAGTTTTCATTTGCAAATATTTGATCACTCGTTTTATTAAAAAAATTTTGAAATTATTATTTATTTTATTATCTATAGTACTTTAAGCATAACTTTTTGTTTTTTATATTTGCGAAAAAAAATTAAATAAGACGAGTGGTCAAACGTTGTAAGCAAAAACTCTCAAAATCTCTTATATTGTGGGACGGAGGGAGTACTATGCTAGTTA CTGTTCTAATCCCAGTTTAATGGATCATATTTAAGAATTATTACTGCTACTATTATTAGTGCTAGGTAGGTGTTAGGCTAGAATTAGGAATGGCATTGGCAGTAGCATCAGTGTTAGGTGTTCTTTTGTATGGTGATATATTGGTTATTTTGGAAGGTGGTTGATGGATGCAGATCAACAGATGAGAAATACATGGCTTCCGTAGGTTGTTCAGGGTATTGACGGTGATATATCCAATAATAAGTGTTCTTTTGGAGAATTGAATGGAACTCCATCCGTCCCATAATATAAGAGATTTTAAGTTTTCATTTGCAAATATTTGATCACTCGTTTTATTAAAAAAATTTTGAAATTATTATTTATTTTATTATCTATAGTACTTTAAGCATAACTTTTTGTTTTTTATATTTGCGAAAAAAAATTAAATAAGACGAGTGGTCAAACGTTGTAAGCAAAAACTCTCAAAATCTCTTATATTGTGGGACGGAGGGAGTACTATGCTAGTTAGCTCTATGCCAGTTAGCTCTAGTCGTATGATGATTGGAAGAAATCATCAGATGTTTGAAAAGTTGTAAGCAAAGAAATAATAAGAGCTTCAGATTTCCTTTAACACTGCGTTTGCTGTGTTGCCTTTGTCT 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 1e-21 osa-MIR818e 0.0000000002 -82.1 ...(((((.((((.(((((.(((((((((((((((((((((((((.((((((..(((((((...(((((((((((((((((((.(((((.((.(((((.((((((.((......))...)))))).)))...)).)).)))))(((((((...........)))))))..)))))))))))))))))))..)))))))..))))))...))))))))))))))))))))))))).))))).))))..))))). (-82.1)