mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCCTTAAAAA TTATAGGACGAAGAGAGTACA AATAACACAAGTACTCCCTCCGTCCTTAAAAAAACAAATATAAAACTGAAACATGATACATCCTAATACAATGAAACTGGACATATGTATGTTTGGAATGTGTTCCATCTAGTACTAGTTTAGTTTTTTATAGGACGAAGAGAGTACAAAACAAGG GGACGAGACAAGGGGAAGAGTTGATGGTGTGTAAATTCAGTTCTTCCAGAGGGTGTGTTTAGTTCACGAAAGAAAATTTTTGGATGTCATATTGGACGTTTGACCGAATATCGGAAGTGGTTTTCGGACACGAATGAAAAAACTAATTTCATAACTCGCCTGTAAACCGCGAGACGAATTTATTAAGCCTAATTAATCCTTCATTAGTACATGTGGATTACTATAGTACTTATGACTAATCATGGACTAANTAGACTTAAAAGATTCNNCTCACAATTTCCATACAAACTGTGCAATTAGTTTTATTTTTATCTATACTTAATGCTCTTTGCATATGTTCATATATTCAATGTGACATTTTAGAAAAAGAAATTGGGGAACTAAACAAGGCCTGAACTCAGGCAGGTCAGAAATTAATAACACAAGTACTCCCTCCGTCCTTAAAAAAACAAATATAAAACTGAAACATGATACATCCTAATACAATGAAACTGGACATATGTATGTTTGGAATGTGTTCCATCTAGTACTAGTTTAGTTTTTTATAGGACGAAGAGAGTACAAAACAAGGTGAAGAGGAGTTTGGGTCATCATTAAATCAAATTAACACAGGTTCAATGATGTTTCAGAAGATTGGTTGCAGCTCTTTTACATTTACAGACGACTGAGTACAGGNAGGCTTATNCACTGNGACAGNTCATTCAGAGAACAGNCAAAAGGATTTGGNCTTCCTCGGGGTGNCCGAAATGGCAAAATCCATTCTGAATTTCCCTGCTCGGGNTTTCAAGGTTCAGCTGCTCCCAAANGTCAAAATTAGGTTTGGTGGGGACATTCCCTTGNNTTTTANNCCTGG 4 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 0.000009 100 -34 ..........((((((.((.((((((..(((((((.((..((..((((......(((((((((..((((((((........))).)))))....)).))))))).....))))..))..)).)))))))..)))))).)).))))))......... (-34)