mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTTGCGTCGTAAGCCGGCTT GCTGGCTTCTAGCGTAAGCTT TGGACCTTCTGGCTTGCGTCGTAAGCCGGCTTACGTCGTAAGCTGGCTTCTCTTGTAAGCTGGCTTCCTCTATAAGCTGGCTTACGCCGTAAGCTGGCTTCCTTTGTAAGCTGGCTTCTAGCGTAAGCTTCTCCTGGA GACGCCATGCGTGGGTTAGGGAATCGGCCATTATGGCCGGGCTTGCTGAGAGAATGTATCAACTCTAGCAATTGGACGATAACGGCGGCAGAGCCGCCATCATGTTATCGTGTATTGCTGAGAGGATATCGGAGGATGGTACTTCAGGTACCATGCTCTTCTGCTTATTTCAACTATAGCAGAAGAATGATTTGCACATAAAGAGCAAGATGATCAGTAGAAACTGATTTCTCACCTGTTTACCTTTTTAGCACGGTAAAGTCTCATGCTGATAACGTGTTGAGAAACCAATCGATTCTACTGATCAGCACACAAGCAAACCAAACACAGAGTTGTAGAACACAGAAAGTATGAGCGAGTGGAAGCTTTATTTCTTCTGGATTTGAGTACAAGCTACAAGAGGAGAAGCATGAGACCGAAGATCGGTTGTTCTTGCCTTGGACCTTCTAGGCCCTATTTATATGCGGAGGAGGGTGGAGGCTTACGTCGTAAGCCTTGGACCTTCTGGCTTGCGTCGTAAGCCGGCTTACGTCGTAAGCTGGCTTCTCTTGTAAGCTGGCTTCCTCTATAAGCTGGCTTACGCCGTAAGCTGGCTTCCTTTGTAAGCTGGCTTCTAGCGTAAGCTTCTCCTGGAGAAAAGTCCCATCATATTTATTCGTCCACATAGATAGGTCCTACCTTTGATCTTTAGTGCTCGAAGGGAATCGGGATTAAGGAGTTTAGTTAAAATTCCGAGTGAAAAGTTAGCCTTTTTGTCACTAATCAAAGTAAAAGTCTACTTTAACACACGCGACGACATCCGCTGACAATTTCCGCAATATGCCCCCACAAAATACTCTAG 3 0 5' arm Oryza_sativa mirnest 100 100 -61.7 .(((......(((((((((...(((((((((((((....((((((((((....(((((((((((((.......)))))))))))))....))))))))))....)))))))))))))...)))))))))..))).... (-61.7)