mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGTGCTAAAAAGTTAACGGT TGGTTAACTTTTTTTAAATATGT TACGGGAATTGAATACTCCATCCGTTTCTAAATATTTAACGCTGGTTAACTTTTTTTAAATATGTTTGGCAGTTCATCTTATTAAAAAAATTTAAGTAATTATTAATTCTTTTCATATCATGTGATTCATTGAGAAAATACTTAAATGTATACATATAGTTTTACATATTTCACAAAAGTTTTTGAATAAGACGAATGTCAAACATGTGCTAAAAAGTTAACGGTGTCGAATATTTAGAAACAGAGGGAGTATATAGCTCTCTT GGAGGCAGGATTCACTGACTACAAGATAAGCCCTGTGTTAGGTATTCGATCCATTATCGAAGTCTTTCCATAGGGCAATCTCATAATACGGGAATTGAATACTCCATCCGTTTCTAAATATTTAACGCTGGTTAACTTTTTTTAAATATGTTTGGCAGTTCATCTTATTAAAAAAATTTAAGTAATTATTAATTCTTTTCATATCATGTGATTCATTGAGAAAATACTTAAATGTATACATATAGTTTTACATATTTCACAAAAGTTTTTGAATAAGACGAATGTCAAACATGTGCTAAAAAGTTAACGGTGTCGAATATTTAGAAACAGAGGGAGTATATAGCTCTCTTGCATAATTACTTTGTGTATTAATATTTGTCTCTAAAGTCATATTAGTGATGAAGATTTGTATTCC 3 2 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 2e-57 osa-MIR806h 2e-44 -79.6 ...((((.(((.(((((((.((.((((((((((((((.((((((.((((((((((....((((((((((((.(((.(((((((..(((((((((((((.((.(((((.....((((.....))))...)))))..)).)))))))(((((.((.....))..))))).(((...))).)))))).))))))).)))))))))))))))...)))))))))))))))).)))))))))))))).)).))))))).))).)))).. (-79.6)