mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGATGTGTCACATCTGGTAC CCGAATGTGACATATTCTAG CTGCACACTTTGGACCGAATGTGACATATTCTAGTACTACGAATCTGGGCTGTATGTCTAGATTCATAGTACTAGGATGTGTCACATCTGGTACTAGGTTGGTTT AATCGAATGTAATCAACAATTTTATGGTGTGTGGGTGTCGGTGTACTTGGGGTTTCTTCCCTATACGCAGCTCTCCTACGTGTTCAAGAGAAAAACGTTTGCATATAGGCTTTCTGGCCACTCTTATCAATATTAATATATTTATAAATTGGCTTAGTAGTTGGTTCTAGTTTGGAAATATGGTTCCCCTGAGCACAGGGCACTGCACACTTTGGACCGAATGTGACATATTCTAGTACTACGAATCTGGGCTGTATGTCTAGATTCATAGTACTAGGATGTGTCACATCTGGTACTAGGTTGGTTTTTTATGGGACGGAGGGAGTAGGTTATTTATTACTAGATGATCTGCACGATGCAATGCTTACATCATGGAGTAATGTTCTGTAATTTCTGGACAACCTGAACATGCCCATCCTTAGTCGGTGGTGTCGGTTTAGATGGTTCAAATCGCAGCCCAGATTTTGAGCTAACTCTGGTTCTGTATGATCTCAACACATTTGTAGAGCCAAACAGAATGGGTTTCTTGCAGATTTAGAGTGTGAGTTTACATATGCTGCTTGTCCTTGAGGTAAAAAACATTTTTAAAATGTATTGCAGAAAATTACATTGAACCATTGCAGGACAAAAAGTTACTGATGTTGCCCTGTTGCTCCGATGAGATTCGAGTGAGCATGCCTTTTGCT 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 3e-23 osa-MIR1442 0.00000002 -51.3 ..((.((.(((((((((.(((((((((((((((((((((.((((((((((.....)))))))))).))))))))))))))))))))).)))).))))).)))).. (-51.3)