mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATAGTACTAGGATGTGTCACA TGACACATTTAGTACAACGA TGACTGCCTCCATTCCGAAAAAAATGAATCTAGGACTGGATGTGACACATTTAGTACAACGAATCTGGGACAGAGGTGTGTCTAGATTCATAGTACTAGGATGTGTCACACCAGTACTAGGTTGGTTTTTTATGGGACGGAGGGAGTAC CTTGGTACAAATATTTGTGAATTATCTTAGACTAAATAAATACTACTGAAGTGCTATCTACCATTCAGTAAACATTCTGCTAATCCTTTGACTGCCTCCATTCCGAAAAAAATGAATCTAGGACTGGATGTGACACATTTAGTACAACGAATCTGGGACAGAGGTGTGTCTAGATTCATAGTACTAGGATGTGTCACACCAGTACTAGGTTGGTTTTTTATGGGACGGAGGGAGTACATGATAAATTTTTCATAAATTTATGATAACTGTTGTAAATTGTGACTCCAGACACTATCTTCAGTTATATTGCTTAAGGGAAAATACTCTCACAGAATCCTTTGAAATGGGTGTGCATGTACATTTGAAATTTGACACTAACT 3 1 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 1e-41 osa-MIR1442 1e-16 -66.5 ..(((.(((((.(((((.(((((((.(((((((.(((((.(((((((((((((((((...((((((((((((....))).)))))))))...)))))).)))))))))))))))).))))))).))))))).))))).))))).))).. (-66.5)