mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGATTCGTTGTACTAGGATGT ATCCTAATACAACGAATCTGG AAGTATGCCTACTCCCTTCCATCCCCAAGAAAAAAAGGCAACCTAGTACTAGAATGTGACACATCCTAATACAACGAATCTGGACATAGAGTATGTACAGATTCGTTGTACTAGGATGTGTCACGTCGTAGTACGAGGTTGAGTTTTTTTTGGAATAGAGGGAGTAGATATTTACCCN ATGTTCATCGAGTGAGAATTATGGAAGTAATAATACAATGATTACTTCAAAAAACCTCAACTCAGAAAAAAAAAGGAATGACACGAAACTACAAGTATGCCTACTCCCTTCCATCCCCAAGAAAAAAAGGCAACCTAGTACTAGAATGTGACACATCCTAATACAACGAATCTGGACATAGAGTATGTACAGATTCGTTGTACTAGGATGTGTCACGTCGTAGTACGAGGTTGAGTTTTTTTTGGAATAGAGGGAGTAGATATTTACCCNGTTCTAGACTGGTCTTATTAAACTTCTGGAGCACAAAAGCTTTGGGGTCCATTTGGCCAGGTGGACATCCAATTCCTGAATAAAAGTATGAATATCACATTAAGGAAA 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 2e-25 osa-MIR1862g 0.00000000001 -83.5 ((((((..((((((((((......((((((((((....((((((.((((((..(((((((((((((((.(((((((((((((.(((((...))))).))))))))))))).)))))))))))))))..)))))).))))))..))))))))))....))))))))))))))))..... (-83.5)