mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGATTTTGGGTGGATATGAGA ACATCCAATCAAAATCTCT TCATCCATCCCATAATATAAGAGATTTTGGGTGGATATGAGATATGTCCAGATTCATTGTATTAGGATGTGTCACATCCAATCAAAATCTCTTATATTATGGGACGGTGG CAGTAGTATACGTGCACTTTGGGTTGCTCATGCACTGGCTTAATTTCTGAAGATGAGTAATCTGCTCAAGGCTAAGAGCTGGGTACCAGAGGAGAAAGCTGCAGCGACTGCTTCTGATGAACAGAATGACAAGATAAAGAAAGTCCGGGAACTCCTGGGAAGCCAGATGACAGCAGAGATGCCGTCATTCTTGTCGGACGCCACCATCCGCCGCTTCCTCCGGGCAAGGAACTGGAGCACGGAGCAAGCAACCAAGGCTCTCAAAGAGACTGTCAAATGGAGGCGTCAGTACAGGCCGGACACAATCCGCTGGGAAGACATTCCTGGAAGGGAGCACGAAGCTAGGAGAACATATATAGCCGACTACTTTGATAAGAATGGAAGGATCGTCTTCATATCGAATCCGACAATTAAGGTTCATTAACTGATCATGCATTTAATGACCGGCAGAGTACCCTGTTAACTATTTTTTTTATTAGTCTAACAGAGTACTCATCCATCCCATAATATAAGAGATTTTGGGTGGATATGAGATATGTCCAGATTCATTGTATTAGGATGTGTCACATCCAATCAAAATCTCTTATATTATGGGACGGTGGGAGAAACTTTGAGTCTTCAACTAATTTTCTAAATTATTTATATATTCGAATTTACCACCAATATATGTTGTTTCACTTGTCTGACAACAGAGTAAATCATCCACCAAGGACCAGATAAAACAGTTAGTGTATAACCTGGAGATTTTTGCCATGCACTCAGAAAACATGGAAGACGAATGTACTGTTTGGTTAACTGACTTTCAAGGCTGGGTGCCAACAAATACGCCATTGCCGTTGCTTCGTGAATGCACTCACATAATTCAAAACCAT 2 2 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 7e-21 osa-MIR818b 6e-18 -48.3 (((.((.(((((((((((((((((((((((.((((..((.(((((((((.(((.......))).))))))))).)))))).))))))))))))))))))))))).))))) (-48.3)