mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCCCTCCGTCCCATAATA TTATGGGACTGAGGGAGTACT AGTAGTACTCCCTCCGTCCCATAATATAAGGGATTTTGGACAGATGTGAGACGTCCAGATTCATTGTATTAGGATGTGTCACATCTACCCATAATCCCTTGTATTATGGGACTGAGGGAGTACTAG GGGGGCAAGATACCTTTTGTATTTTCCTATTGCACTTACAATAATCATTGAGTCCCGCAACAACACGCGGGGTATTATCAGTTAGAATGATGATACAATCCATCCTTATATAGATGGAGAGAGGACCCAGTCTAATTCTATCCAACAAACTCTATCCTTATCCTTAGGGCCTCGATCCCTCGGCCCACTACCCATGACATATACTTGTAGTTGGCTCTCTGAACTTGATTAGATTCACAAAGTCAACAATTGGTAGTAGTACTCCCTCCGTCCCATAATATAAGGGATTTTGGACAGATGTGAGACGTCCAGATTCATTGTATTAGGATGTGTCACATCTACCCATAATCCCTTGTATTATGGGACTGAGGGAGTACTAGCAGGCAATAGCGACCACCTGCTCAACCAGTTTTTTCCCCTGCTCAACTCCATGTCTCCATCATCTATTCATCTATCGCAAATTCAAATCATAGCCAAATCACTCGGCATTTGGAGTGCATCGATTTTATAGAAATTCATTCCATCACATCGCTACTCGATCCTAAGCCAACGACAAAGCCCCCGCATTGGCAATGGCAATGGCGCCATCATTTTATTTGCTTGTTTATTTCATCAATTTCACGCAACAGTGACACGAGTACCCGATCGACGCGAAGGTCGCACCACCAAGTCATCAAT 1 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 2e-65 osa-MIR1442 0.00000000000003 -73.1 ..((((((((((((.((((((((((((((((((((.(((..((((((((.((((((.(((.......))).)))))).))))))))..))).)))))))))))))))))))).)))))))))))). (-73.1)