mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTATTAGGATGTGTCACATCT ATGTGAGACGTCCAGATTCAT GTAGTACTCCCTCCGTCCCATAATATAAGGGATTTTGGACAGATGTGAGACGTCCAGATTCATTGTATTAGGATGTGTCACATCTACCCATAATCCCTTGTATTATGGGACTGAGGGAGTACTA GGGGGCAAGATACCTTTTGTATTTTCCTATTGCACTTACAATAATCATTGAGTCCCGCAACAACACGCGGGGTATTATCAGTTAGAATGATGATACAATCCATCCTTATATAGATGGAGAGAGGACCCAGTCTAATTCTATCCAACAAACTCTATCCTTATCCTTAGGGCCTCGATCCCTCGGCCCACTACCCATGACATATACTTGTAGTTGGCTCTCTGAACTTGATTAGATTCACAAAGTCAACAATTGGTAGTAGTACTCCCTCCGTCCCATAATATAAGGGATTTTGGACAGATGTGAGACGTCCAGATTCATTGTATTAGGATGTGTCACATCTACCCATAATCCCTTGTATTATGGGACTGAGGGAGTACTAGCAGGCAATAGCGACCACCTGCTCAACCAGTTTTTTCCCCTGCTCAACTCCATGTCTCCATCATCTATTCATCTATCGCAAATTCAAATCATAGCCAAATCACTCGGCATTTGGAGTGCATCGATTTTATAGAAATTCATTCCATCACATCGCTACTCGATCCTAAGCCAACGACAAAGCCCCCGCATTGGCAATGGCAATGGCGCCATCATTTTATTTGCTTGTTTATTTCATCAATTTCACGCAACAGTGACACGAGTACCCGATCGACGCGAAGGTCGCACCACCAAGTCATCAAT 4 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 6e-65 osa-MIR1442 0.00000000000003 -72.3 .((((((((((((.((((((((((((((((((((.(((..((((((((.((((((.(((.......))).)))))).))))))))..))).)))))))))))))))))))).)))))))))))) (-72.3)