mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGATGTGTCACATCTAGTAC ACTGGATGTGACATATTTTGT TCTAGTACTGGATGTGACATATTTTGTATAATGGATTTGGACATATGTATGTCCAGATTTGTTGTATTAGGATGTGTCACATCTAGTACATT ATGGATCAACACTCATCCTGAATGTTCTTGTATCTACTCCTGTTTGTGAACTCTTCTAAAAAATGAAATGCTATAATAAACCTTGAGAAGAAAATATTTGGGGATGAACCTAGAGCCAAGTGGGCGATGGCTGGATGAGCCCAATGGTGGAGTTGGAGACTGGGGAGGAGGGGTTCCGGGAGAAAAAGAGAGGGNCTTTTGGGTGNCCATCGGAGAGGAAGAGACATCTCAAGCTGCTTTTGTTTCTTTTTTTTTATGTGTATGTCATGGGTAGCTGGCTGGCTGGCTGTGCCAGGTTTTCTCGGCTTTCTTTGCTGATCTCTCCTTTTTTGTTTGCTTCCTTGGCCGTCTAGCTGTACTTTTAGGGTTCTTCTTGGAGTTTGCACTTTGGAGTTTGGACTGGTCTAATCGGAAGTGATTAGTATTAGTACTCCTGTAAAAAAAAGATAATGTAAATTTTAGAGACGAACCTAGATAATTTATCTTTAGAAGTTACTCCCTCCATTAAAAAAAAAAGTAAATCTAGTACTGGATGTGACATATTTTGTATAATGGATTTGGACATATGTATGTCCAGATTTGTTGTATTAGGATGTGTCACATCTAGTACATTGG 0 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 0.0000000003 osa-MIR1862g 0.000000001 -46.1 ....((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))... (-46.1)