mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTACTCCCTCCGTCCCAAAA ATGGGACGGAGGGAGTGGTAA TGGATATGGTCTACTCCCTCCGTCCCAAAAGTGAATCTAGCTCTGTATGGACACATTATAGTACAACGAATCTGGATAGAAATATGTCTAGATTCGTAGTACTAGGATGTGTCGCATCGAGTGTTGGTTTTTTATGGGACGGAGGGAGTGGTAATTACTG AGAAGTACACGCTGTACGCTACCACGCCATGGATATGGTCTACTCCCTCCGTCCCAAAAGTGAATCTAGCTCTGTATGGACACATTATAGTACAACGAATCTGGATAGAAATATGTCTAGATTCGTAGTACTAGGATGTGTCGCATCGAGTGTTGGTTTTTTATGGGACGGAGGGAGTGGTAATTACTGGCAAAATCATCATCATCTTCTGGTTAATCTTGAGCCCTAACACTTGATCTACTTAGTGTGATGGCTTGTTATTATTAGGGATAGGTTTTGTAAAATTTTTGGTGGCAATATAAAGGAGAATTAATGTATGTTTCAAAATGGGGAAGAATTGAATTAGGTTTCATCCGCCAAGTTGTGTACACACACACTTGCATTTCCATTGTACAGCTCTTATTTATATCATTGTTATATGTGTTTCCTATACAATCAATTATTCAACAGCG 2 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 7e-25 ssp-MIR1128 0.0005 -77.3 .((..((...(((((((((((((((((.((..(((((..((((...(((((((((((.((((((.(((((((((((((......))))))))))))).)))))).)))))))).))).))))...))))).)).)))))))))))))))))..))..)). (-77.3)