mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTA GAGCTTCCTTTAGTCCAAATA GGGGTGGAGCTTCCTTTAGTCCAAATATGGATCTTGCTATGTTGATAGAGCTGCTTAGCTATGGGTCCCTCAACTCTACCCATCTTGTTCTTTGTGGTAGTTTTGTGGCTTCCATATCTAGGGAGCCTTATCACCTTTAGTTTAATCTTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACATCTTGCTCT 0 0 3' arm Medicago_truncatula mirbase MIR159 0.00000001 pvu-MIR159a 0.00000000001 -80.4 (..((((((((((((((((((((((...((((...((((.(.((((((.(((.(((((.((((((..((.(((..(((((((..........)).)))))..))).))..)))))).))))).))).)))))).)..))))...))))...))))))))))))))))))))))..)....... (-80.40)